土壤微生物是土壤肥力和土壤健康的重要指標，是土壤有機物的主要分解者，通過分解動物殘體獲得自身所需的營養(yǎng)物質(zhì)的同時，為植物生長提供必要的養(yǎng)分元素，是陸地生態(tài)系統(tǒng)生物循環(huán)的重要環(huán)節(jié)。土壤有機質(zhì)是土壤微生物生命活動所需養(yǎng)分和能量的主要來源。沒有它就不會有土壤中所有的生物化學過程。土壤微生物的種群，數(shù)量和活性隨有機質(zhì)含量增加而增加，具有極顯著的正相關(guān)。土壤有機質(zhì)的礦質(zhì)化率低，可以持久穩(wěn)定地向微生物提供能源。二者之間相輔相成，主要作用表現(xiàn)在以下幾個方面。

1、 細菌：土壤細菌占土壤微生物總數(shù)的70%-90%，數(shù)量極其龐大。產(chǎn)見的土壤細菌屬有：

圖2  細菌

（1）節(jié)桿菌屬：能利用各種有機物碳源和能源，并降解土壤中難分解的物質(zhì)和多種化學農(nóng)藥；

（2）芽孢桿菌屬：大多為對動植物無害的腐生菌，一般具有很強的分解蛋白質(zhì)和復雜多糖的能力，對土壤有機質(zhì)的分解起著重要作用；

（3）假單胞菌屬：有益的假單胞菌屬因其具有代謝多種化合物能力，在降解土壤中的有機農(nóng)藥和除草劑等發(fā)揮重要作用，同時是制造多種產(chǎn)品的經(jīng)濟微生物；

（4）其他各種細菌生理群：有分解糖、淀粉、纖維素等的碳水化合物分解細菌，有將有機含氮化合物中的氮素轉(zhuǎn)化成氨的氨化細菌。

2、 放線菌：最適宜生長在中性、偏堿性、通氣良好的土壤中，能轉(zhuǎn)化土壤有機質(zhì)，產(chǎn)生抗生素，對其他有害菌起拮抗作用。

圖3  放線菌

3、真菌：真菌的數(shù)量小，但生物量大，在森林土壤和酸性的環(huán)境中，真菌是分解土壤有機質(zhì)的主要微生物類群，其腐生真菌主要分解動植物殘體。真菌對酸度的適應范圍較寬，在pH<4時，細菌和放線菌不能生長的情況下，真菌卻能生長。土壤真菌的多少與土壤有機質(zhì)含量密切相關(guān)。

圖4  真菌

4、 藻類：土壤藻類是土壤生物的先行者，可通過光能自養(yǎng)的能力，成為土壤上最先有機物質(zhì)制造者之一，荒地和干燥的沙漠土壤中的腐殖質(zhì)多來自土壤藻類。

土壤中80%-90%的微生物是黏附在各種礦物、有機質(zhì)或礦物—有機物復合體表面，形成單個的微生物群落或生物膜。微生物與土壤有機質(zhì)和黏土礦物之間的相互作用也是由分子間力、靜電力、疏水作用力、氫鍵和空間位阻效應等多種作用力或作用因素共同決定或影響的物理化學過程。微生物吸附于礦物、有機質(zhì)、表面后，其細胞代謝將會發(fā)生明顯的變化，從而影響到土壤中與生物相關(guān)的一系列土壤環(huán)境過程，如礦物風化與形成、土壤結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性土壤養(yǎng)分有效性等。

活體微生物對土壤酶的影響相當大，特定的土壤酶活性與細菌和真菌類群密切相關(guān)。土壤微生物數(shù)量，尤其是土壤細菌的豐富度與土壤磷酸單酯酶、β-葡聚糖酶、脫氫酶和水解酶等酶活性呈顯著正相關(guān)土壤酶是一種生物催化劑，主要來源于土壤微生物和植物根系的分泌物及動植物殘體分解釋放的酶，包括氧化還原酶類、水解酶類、裂合酶類和轉(zhuǎn)移酶類等。

微生物的生長繁殖使土壤母質(zhì)逐步累積了有機質(zhì)和氮素，為低等植物的生長準備了條件，同時阻止了風化過程的養(yǎng)分淋溶作用使營養(yǎng)元素得以保存，這種養(yǎng)分元素不斷累積的過程乃是土壤形成過程的本質(zhì)。成土過程必須以巖石的風化過程為基礎，由于有機物質(zhì)的不斷累積，促進了土壤肥力的發(fā)展。